La Unidad de Difusión y Educación Ambiental (UDEA) desarrolla actividades educativas y maneja las colecciones didácticas museográficas del MNHN. Realiza actividades dirigidas a crear conciencia sobre la importancia de la conservación de la biodiversidad de Bolivia, difundiendo el conocimiento científico a través de las exposiciones museográficas, capacitaciones, redes sociales, actividades lúdicas y didácticas en convenio con instituciones afines a los objetivos institucionales, actividades de extensión y educación ambiental como El Museo Va a Tu Escuela y coordinación e implementación del Programa de Voluntarios del MNHN.

Cuenta con una biblioteca especializada en educación ambiental y temas generales relacionados con la conservación de la biodiversidad y el medio ambiente.

La UDEA trabaja con grupos escolares de diferentes Unidades Educativas de las ciudades de La Paz, El Alto y provincias, estudiantes normalistas, universitarios de pre y post grado de Universidades públicas y privadas e investigadores nacionales y extranjeros.

Las salas de exhibiciones y ambientes del MNHN presentan exposiciones permanentes de paleontología, mineralogía, botánica y zoología; además exposiciones temporales, casitas de plantas medicinales, esculturas artísticas y muestras en exteriores. Se cuenta con una colección didáctica de especímenes y piezas de exposición con más de 600 muestras, entre fósiles, plantas, mamíferos, aves, reptiles, peces, invertebrados y minerales.

Anualmente el MNHN recibe alrededor de 18,000 visitantes.